简介：2027年6月6日的一天，隶属陆军秘要部队501机关的真室中佐在闹市街头被人杀戮，此前他曾陷入军械生意的贿赂丑闻不得脱身，他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜，试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅与生化人草薙素子在真室中佐的坟场首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯法追查的甲士，此行她进展找到倍为尊敬的中佐蒙冤以及遇害背后的实情。谁知，棺木中的中佐早已不见了踪影。在此以后，她遭到荒卷委托睁开调查，并在连续串阴险追查的过程当中与前特种部队成员巴特和时为新滨县刑警的陀古萨邂逅。扑朔迷离的案情，草薙一行被引向未知的彼方。…